Skola izveidojās, apvienojot Suliņu un Vēžu skolu. Pirmais un ilggadējais skolotājs bija Pauls Štāls. Atminoties un godājot izcilo pedagogu, pie skolas galvenajām durvīm atklāta piemiņas plāksne. 1992. gadā izveidots Sējas pamatskolas muzejs ar mērķi saglabāt nākamajām paaudzēm gan skolas, gan visa Sējas novada vēsturi. Skolas Jubilejas parku sākts veidot 2002. gadā.